Program tanımları
MOLEKÜLER BİYOLOJİ ve GENETİK YÜKSEK LİSANS PROGRAMI
Yüksek Lisans ( Güz )
MBG 500 Seçmeli Seminer Seminar
MBG 501 Zorunlu Amino Asit ve Nükleotid Metabolizması Amino acids and Nucleotids Metabolism
MBG 503 Zorunlu Protein Saflaştırma Teknikleri Protein Purification Techniques
MBG 504 Zorunlu Sekonder Bağlar ve Önemi The Importance of Secondary Bonds
MBG 507 Seçmeli Maya Teknolojisi Yeast Technology
MBG 510 Seçmeli Bitkilere Gen Transfer Yöntemleri (İng.) Gene Transfer Techniques to Plants
MBG 511 Seçmeli Bitki Biyoteknolojisi Plant Biotechnology
MBG 519 Seçmeli Apoptozun Moleküler Teknikler Kullanılarak Belirlenmesi Detection of Apoptosis using Molecular Techniques
Yüksek Lisans ( Bahar )
500 Zorunlu Seminer
502 Zorunlu Moleküler Biyolojide Spektral Analiz Spectral Analysis in Molecular Biology
505 Zorunlu DNA Parmak İzi DNA Finger Print
509 Zorunlu Sitoplazmik Genetik Sistemler (İng.) Cytoplasmic Genetic Systems
513 Zorunlu Bitki Genomunun Organizasyonu Organization of plant genomes
516 Seçmeli Bitki Moleküler Biyolojisi ve Genetiği Laboratuvar Projesi Laboratory Projects in Plant Molecular Biology and Genetics
523 Zorunlu Biyolojik Sistemlerde Fotokimyasal Dönüşümler Photochemical Transformations in Biological Systems
524 Zorunlu Genetik Hastalıklar ve Moleküler Tanıları Genetic Diseases and Molecular Diagnoss
DERS İÇERİKLERİ
Seminer
Seminar
---
Güz
Amino Asit ve Nükleotid Metabolizması
Amino acids and Nucleotids Metabolism
2+0+0
Güz
Türkçe İçerik: Azot fiksasyonu biyokimyası, aminoasitlerin biyosentezi, biyosentezin regülasyonu, non-protein aminoasitleri, aminoasitlerin kullanımı, aminoasitlerin yıkımı ve yıkım ürünleri, amino asit yıkımı ile ilgili hastalıklar. Purin nükleotid- lerinin biyosentezi. Pirimidin nükleotidlerinin biyosentezi. siribonükletidfosfatların biyosentezi.Nükleotid sentezi inhibitörleri.Özel regüle edici moleküllerin sentezi.Nükleotidlerin katabolizması. Nükleotid metabolizmasının regülasyonu.
İngilizce İçerik: Nitrogen metabolism. Biosynthesis of amino acids. Molecules derived from amino acids. Metabolic fates of amino groups. Nitrogen excretion and urea cycle. Pathway of amino acid degradation. Biosynthesis and degradation of nucleotides. Chematherapeutic agent and nucleotide biosynthesis pathways.
Protein Saflaştırma Teknikleri
Protein Purification Techniques
1+0+2
Güz
Türkçe İçerik: Genel saflaştırma yaklaşımları. Protein özütleme. Protein derişiminin artırılması. Kromatografik yöntemler. Elektroforetik yöntemler. İmmünolojik yöntemler. Kristallendirme. Kimyasal modifikasyonlar.
İngilizce İçerik: General purification approaches. Protein extraction. Protein concentration. Chromatographic methods. Electrophoretic methods. Immunological methods. Crystallization. Chemical modifications.
Sekonder Bağlar ve Önemi
The Importance of Secondary Bonds
2+0+0
Güz
Türkçe İçerik: Mikro ve makro moleküller arasında etkileşimler. İyonlar ve etkileşimdeki önemleri. Makro moleküllerin konformasyonları ve bu konformasyonların kurulmasında sekonder bağlar ve iyonlar. Sekonder ekleşimlerin enerjetik olarak değerlendirilmesi ve enerji hesapları.
İngilizce İçerik: Chemical bond. High-energy bond. Free energy and coupled reactions. Group transfers. Bond energies. Polar and non-polar molecules. van der Waals forces. Hydrogen bonds, hydrophobic and hydrophylic bonds. Polypeptide backbone and secondary structure. Protein domains. DNA and regular helix. Self assembly.
Maya Teknolojisi
Yeast Technology
2+0+2
Güz
Türkçe İçerik: Maya teknolojisinin tarihsel önemi. Maya fermentasyonu. Fermentasyon ürünleri. Maya teknoloiisinin endüstriyel uygulamaları.
İngilizce İçerik: Developments in yeast technologies. Alcoholic beverages. Industrial alcohols. Yeast biomass-derived products. Yeast in medical research
Bitkilere Gen Transfer Yöntemleri (İng.)
Gene Transfer Techniques to Plants
2+0+2
Güz
Türkçe İçerik: Bitkilere gen transfer vektörlerinin hazırlanması, direkt gen transfer yöntemleri; elektroporasyon ve biyolistik, indirekt gen transfer yöntemleri; Agrobacterium tumefaciens, Agrobacterium rhizogenes aracılığı ile gen transferleri. Transgenik bitkilerde ve bu bitkilerin döllerinde DNA, RNA ve protein düzeyinde analizler.
İngilizce İçerik: Gene transfer vectors for plants (promoters, markers, reporters). Direct gene transfer techniques: electroporation, biolistics. Indirect gene transfer techniques: Agrobacterium tumefaciens, Agrobacterium rhizogenes. Other gene transfer techniques. Analyses of transgenic plants at DNA, RNA, Protein and phenotypic levels.
Bitki Biyoteknolojisi
Plant Biotechnology
2+0+2
Güz
Türkçe İçerik: DNA
İngilizce İçerik: General concepts in biotechnology. Tissue culture techniques. Transformation techniques. Biolistic. Agrobacterium system. Electroporation. Gene transfer to protoplast. Agricultural applications of transgenic plants. Pathogens, abiotik stress, herbicide resistance. Industrial applications of transgenic plants. Medical applications of transgenic plants.
Apoptozun Moleküler Teknikler Kullanılarak Belirlenmesi
Detection of Apoptosis using Molecular Techniques
1+0+3
Güz
Türkçe İçerik: Apoptozun tanımı. Apoptozun DNA fragmantasyonu ile belirlenmesi. Apoptoza giren hücrelerde kaspaz aktivitesinin belirlenmesi. Dokularda apoptozun belirlenmesi. Apoptotik hücrelerde tek zincirli DNA
İngilizce İçerik: Apotosis. Measurements of apoptosis by DNA fragmentation. Measurement of caspase activity in cells undergoing apoptosis. Detection apoptosis in tissues. Immunoassay for single-stranded DNA in apoptotic cells. Measurement of changes in intercellular calcium during apoptosis. Assay to measure stress-activated MAPK activity. Measuring programmed cell death in plants. Detection of apoptosis in Drosophila. Identification of apoptosis regulatory genes.
Seminer
Bahar
Moleküler Biyolojide Spektral Analiz
Spectral Analysis in Molecular Biology
2+0+2
Bahar
Türkçe İçerik: Elektromanyetik spektrum. Ultraviyole ve görünür spektroskopisi. Infrared spektroskopisi. Nükleer manyetik rezonans spektroskopisi. Kütle spektroskopisi. UV, IR, NMR ve kütle spektroskopik yöntemlerin karbonhidratların, nükleik asidlerin, aminoasidlerin, peptidlerin, proteinlerin ve lipidlerin yapılarının aydınlatılmasında uygulanması.
İngilizce İçerik: The electromagnetic spectrum. Ultraviolet and visible spectra. Infrared spectra. Nuclear magnetic resonance spectra. Mass spectra. Structure elucidation by joint applications of UV, IR, NMR and mass spectroscopy of carbohydrates, nucleic acids, amino acids, peptides, proteins and lipids.
DNA Parmak İzi
DNA Finger Print
2+0+2
Bahar
Türkçe İçerik: DNA parmakizinin (DNA profillemesi, DNA tiplendirmesi) tanımı ve önemi. Genomun moleküler organizasyonu. DNA polimorfizmleri ve kökenleri. DNA polimorfizmi ve DNA parmakizi arasındaki ilişki. Mitokondri kalıtımı ve DNA tiplendirmesi. DNA tiplendirmesinde kloroplast genomunun önemi. Değişik organizmalarda DNA tiplendirmesinde kullanılan yöntemler (RFLP, VNTR, RAPD, AFLP, Rep-PCR, BOX-PCR, Alu-PCR vb.). DNA parmakizinin kullanım alanları.
İngilizce İçerik: Description and importance of DNA fingerprinting (DNA profiling, DNA typing). Molecular organization of genome. DNA polymorphisms and their origins. Relation between DNA polymorphism and DNA fingerprinting. Mitochondrial inheritance and DNA typing. Importance of chloroplast genome in DNA typing. Methods used in DNA typing in different organisms (RFLP, VNTR, RAPD, AFLP, Rep-PCR, BOX-PCR, Alu-PCR ect.). Applications of DNA fingerprinting.
Sitoplazmik Genetik Sistemler (İng.)
Cytoplasmic Genetic Systems
2+0+0
Bahar
Türkçe İçerik: Nukleus dışı kalıtsal materyal. Nukleus dışı kalıtsal materyalin evolüsyon bakımından önemi. Plazmidler. Organel genomları. Organellerde şifrelenen genler. Organel DNA
İngilizce İçerik: Extranuclear heredity. The importance of extranuclear heredity during evolution. Plasmids. Organel genomes. Maternal heredity.
Bitki Genomunun Organizasyonu
Organization of plant genomes
2+0+2
Bahar
Türkçe İçerik: Bitki genomu ve genom yapısı. Bitkilerde genom projeleri. Tek diziler, tekrarlanan diziler ve transpozonlar. Gen anlatımı için önemli diziler.Genom duplikasyonları.
İngilizce İçerik: Plant genomes and genome structure. Genome projects in plants. Single sequences. Repeated sequences and transposons. Important sequences for gene expresion. Genome duplications.
Bitki Moleküler Biyolojisi ve Genetiği Laboratuvar Projesi
Laboratory Projects in Plant Molecular Biology and Genetics
1+0+4
Bahar
Türkçe İçerik: İleri teknikler (doku kültürü, gen transferi, moleküler markır) kullanılarak bitki moleküler biyolojisi ve genetiği konularını kapsayan bir bilimsel araştırma projesinin uzmanlar denetiminde hazırlığı.
İngilizce İçerik: Preparation of a research project on plant molecular biology an genetics covering recent tissue culture, gene transfer and molecular marker technologies-step by step-under supervision of experts in the area.
Biyolojik Sistemlerde Fotokimyasal Dönüşümler
Photochemical Transformations in Biological Systems
2+0+0
Bahar
Türkçe İçerik: Genel bilgiler: Elektromanyetik spektrum, uyarılmış ve temel haller, singlet ve triplet halleri. Fiziksel olaylar: Jablonski diagramı, fluoresans, fosforesans, fotouyarılma, fotoaktif biomoleküller. Kimyasal olaylar: Radyasyonla biomoleküllerin etkileşmesi, serbest radikallerin oluşumu, parçalanma reaksiyonları, moleküler çevrilmeler, fotoizomerleşme, fotodimerleşme, fotokatılma. Deneysel metodlar: Işık kaynağı seçimi, cihazlar, reaksiyon ayrıntıları, fotokimyasal verim hesaplanması.
İngilizce İçerik: General considerations: The electromagnetic spectrum, excited states and the ground state, singlet and triplet states. Physical processes: Jablonski diagram, fluorescence, phosphorescence, photosensitisation, biomolecules as photoactivators. Chemical processes: The interaction of radiation with biomolecules, cleavage into free radicals, decomposition into molecules, intramolecular rearrangement, photoisomerization, photodimerization, photoaddition. Experimental methods: Choice of light source, apparatus, reaction details, quantum yield.
Genetik Hastalıklar ve Moleküler Tanıları
Genetic Diseases and Molecular Diagnoss
2+0+2
Bahar
Türkçe İçerik: Genetik hastalıkların moleküler temelleri ve kalıtım kuralları. Moleküler tanı teknikleri: Mutasyon tanısı için PCR temelli metotlar, çoğaltılmış nükleik asitlerde alternatif metodlar, tanı testlerinin değerlendirilmesi.
İngilizce İçerik: Molecular basis of genetic diseases and rules of heredity. Molecular diagnostic technologies: PCR-based methods for mutation detection, alternative methods for amplified nucleic acid, diagnostic test evaluation.
Seminer
Seminar
---
Güz
Gen Anlatımı
Gene Expression
3+0+0
Güz
Türkçe İçerik: Transkripsiyon, temel özellikleri. Viruslarda, prokaryotlarda ve ökaryotlarda transkripsiyon. RNA molekülleri ve RNA
İngilizce İçerik: From DNA to RNA: Transcription. Types of RNAs and special features. Transcription in viruses, bacteria. Eukaryotes. Splicing of RNAs. Genetic code. From RNA to Protein: Translation. Stages of translation. Posttranslational modifications.
Yapısal Genomik (İng.)
Structural Genomiscs
2+0+0
Güz
Türkçe İçerik: Fiziksel haritalama. Genetik haritalama. Sitolojik haritalama. Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi (RFLP). Mikrosatellit haritalar. Harita, bilgisine bağlı gen klonlaması. Kromozom boyunca yürüme ve atlama (
İngilizce İçerik: Genome mapping techniques. Physical mapping. Genetic mapping. Cytological mapping. Restriction fragment lenght polymorphisms (RFLP
Genomiğin Uygulamaları
Application of Genomics
3+0+0
Güz
Türkçe İçerik: Genomiğin bitki biyolojisindeki uygulamaları, Genomiğin insan sağlığındaki uygulamaları,Genomiğin endüstiyel uygulamaları, DNA Mikroarray teknolojisi ve uygulamaları, Mikroarray çeşitleri, Mikroarray üretimi, Mikroarray kaynakları, Genom bilgi bankaları
İngilizce İçerik: Application of genomics in plant biology. Application of genomics in health. Application of genomics in industry. DNA microarray technology and its applications. Types of array. Production of arrays. Sources of arrays. Genome data banks.
Proteinlerin Hücre İçi Dolaşımları
Intracellular Traffic of Proteins
3+0+0
Güz
Türkçe İçerik: Hücrenin özelleşmesinde etkili olan temel moleküllerden proteinlerin sentezlendikten sonra fonksiyonel oldukları nukleus, peroksizom, mitokondri, plastid, endoklazmik retikulum, Golgi, lizozom, endozom, salgı vesikülleri ve hücre yüzeyine dolaşımı ile ilgili taşınma mekanizmaları.
İngilizce İçerik: Intracellular compartments and protein sorting. Special features of proteins to go to appropriate organels (signal sequences and patched signals). Gated transport, membrane transport. The transport of molecules between nucleus and cytosol. The transport of proteins into mitochondria, chloroplast peroxisomes, endoplasmic reticulum. Transport from the ER through the Golgi apparatus. Transport from the trans Golgi network to lysosomes. Endocytosis, exocytosis.
Bitki Patojen Etkileşiminin Moleküler Biyolojisi
Molecular Plant Pathology
2+0+0
Güz
Türkçe İçerik: Bitki patolojisinin temelleri. Mantar ve oomiset hastalıkları; enfeksiyonun oluşumu ve hastalığın gelişimi. Mantar ve oomiset genetiği. Bakteri hastalıkları; enfeksiyonun oluşumu, bakteri-konak ilişkisi. Bitki virüsleri; yapı ve çoğalması, bitkiyle hücresel etkileşimleri ve sistemik yayılımı. Bitkilerde direnç mekanizmaları. Direnç genleri. Bitki hastalıklarına direnç mekanizmalarında sinyal iletimi. Bitki hastalıklarında moleküler teşhis yöntemleri. Geleneksel hastalık kontrol stratejileri ve moleküler biyoloji uygulamaları. Ürün korunmasında transgenik yaklaşımlar.
İngilizce İçerik: The fundamentals of plant pathology. Fungal and oomycete diseases-establishing infection and development of disease. Fungal and oomycete genetics. Bacterial diseases-establishing infection and bacteria-host interactions. Plant viruses, structure and replication, movement and interactions with plant. Resistance mechanisms in plants. Resistance genes. Signalling in plant disease resistance. Molecular diagnostic tecniques in plant diseases. Applycation molecular biology and conventional disease control strategies. Transgenic approaches for crop protection.
Bitkilerde Rekombinant Protein Üretimi ve İzolasyonu
Recombinant Protein Production and Isolation in Plants
2+0+0
Güz
Türkçe İçerik: Heterolog proteinlerin bitkilerde üretimi. (a) Bitkisel kökenli (b) Hayvansal kökenli (c) Mikroorganizma kökenli proteinlerin üretimi. Heterolog proteinlerin hücre içi yönlendirilmesi ve stabiliteleri. Heterolog proteinin tanımlanması. Bitkilerde antikor üretimi.
İngilizce İçerik: Production of heterologous proteins in plants; (a) Plant (b) Animal (c) Microorganism originated proteins. Direction of heterologous proteins in cells and stability of proteins. Identification of heterologous proteins. Antibody production in plants.
Seminer
Seminar
---
Bahar
Gen Anlatımının Düzenlenmesi
Regulation of Gene Expression
3+0+0
Bahar
Türkçe İçerik: Gen anlatımının düzenlenmesine genel bir bakış. Gen anlatımının düzenlenmesi ile ilgili proteinlerin DNA
İngilizce İçerik: An overwiev on regulation of gene expression . DNA motifs and proteins related to on regulation of gene expression. Trascriptional regulation. Molecular mechanism of specific cell differentiation. Post-transcriptional regulation. Genome organization on control of gene expression.
İşlevsel Genomik
Functional Genomics
2+0+2
Bahar
Türkçe İçerik: Giriş ve yeni yöntemler. Substraktif c-DNA kitaplığı.
İngilizce İçerik: Introduction, importance of genom projects and terminology. RNAs, RNA isolation and cDNA library preparation for transcriptome analyses. Substractive hybridization. Differential display. SAGE and SADE, microarrrays. Gene expression analyses in single cells. Introduction to proteome analyses. Protein arrays. Interactome analyses. Introduction to metabolome analyses. Bioinformatics.
Proteomik (İng.)
Proteomics
2+0+2
Bahar
Türkçe İçerik: Protein elektroforezi. İzoelektrik odaklama ve iki boyutlu jeller. Duyarlı boyama teknikleri. Kütle spektrometrisi (MS) için örnek hazırlama (jel içinde parçalama, jellerden geri kazanım, Zip uçlarıyla örnek temizleme). MALDI-TOF-MS (matriks destekli lazer dezorpsiyon iyonizasyon-uçuş zamanlı MS). Elektrosprey iyonizasyonlu (ESI-) MS ve iyon kapanı. Ardışık MS
İngilizce İçerik: Protein electrophoresis. Isoelectric focusing and two dimensional gels. Sensitive staining techniques. Sample preparation for mmass spectrometry (MS) (in-gel digestion, recovery from gels, sample clean-up by zip-tips). MALDI-TOF-MS (matrix assisted laser desorbtion ionization-time off-flight-mass spectrometry). Electrospray ionization (ESI-) MS and ion trap. Sequencing with tandem MSs (MS/MS). Continue MS techniques (high pressure liquid chromatography (HPLC)-MS. Capillary electrophoresis (CE)-MS. Determination of post-translational modifications. Edman degradation in solid phase. Sequence tagging and ICAT
Biyolojik Sistemde Antioksidasyon ve Detoksifikasyon
Antioxidation and Detoxification in Biological Systems
2+0+2
Bahar
Türkçe İçerik: Oksidatif koenzim ve enzimler. Reaktif oksijen metabolitlerinin oluşumu. Antioksidan savunma sistemleri. Antioksidan enzimler (süperoksit dismutaz, katalaz, peroksidaz, glutatyon peroksidaz). Antioksidan aktivitenin belirlenmesi. Ksenobiyotik metabolizması. Detoksifikasyon. Faz I-II tepkimeleri. Sitokrom P450 enzimleri.
İngilizce İçerik: Oxidative coenzymes and enzymes. Generation of reactive oxygen metabolites. Antioxidant defence systems. Antioxidant enzymes (superoxide dismutase, catalase, peroxidase, glutathione peroxidase). Detection of antioxidant activity. Xenobiotic metabolism. Detoxification. Phase I-II reactions. Cytochrome P450 enzymes.
Bakterilerde Hücrelerarası İletişim:
Cell to Cell Communication in Bacteria:
2+0+0
Bahar
Türkçe İçerik: Bakterilerde iletişimi sağlayan sinyal molekülleri (açil-homoserin laktonlar, oligopeptidler, furanonlar). Sinyal iletiminin mekanizmaları. Türe özgü davranışlar. Farklı bakteriler arasında iletişim. Biyofilm oluşumu. QS genlerinin tanımlanmasında moleküler yaklaşımlar. QS
İngilizce İçerik: Signal molecules related to bacterial communication (acyl-homoserine lactones, oligopeptides, furanones). Quorum-sensing mechanisms. Functions specific to species. Cross-talk between different species. Biofilm formation. Molecular approaches for characterization of QS. Use of QS in biotechnology and medicine.
